如果说档案收集工作是档案管理工作的起点，整理工作就起着承上起下的作用，是档案管理工作中非常重要的环节。把收集来的档案，经过进一步科学的分类、组合、排列、使档案进一步系统化。整理工作的主要内容包括区分全宗、分类组卷、案卷排列和案卷目录的编制，按不同的价值划分保管期限。
　　（一）、档案整理的内容和原则
　　我们在整理不规范的档案时必须要坚持这样一个原则，就是充分利用原来基础，尊重档案的自然形成规律，最大限度保持全宗内档案文件之间的历史联系，便于保管提供利用。坚持这种原则既利于档案的保护，也利于多年积累的档案检索工具继续沿用。
整理档案要充分利用原来的整理基础。因为，档案是历史文化的产物，它不仅记录了当时的实践活动，而且反映了历来整理和保存档案的情况和成果（过去卷皮由两页变成一页，又变成盒，过去是卷，现在是件，不可能也不能按现在的要求重新按新标准对过去己整理规范了的档案进行整理）要尊重历史和前人的劳动。一般的说，只要不是零散文件，己经整理而有规可循，有目可查，就应保持原有的整理体系，或者不再重新整理，实践证明，对档案反复拆卷重整，虽然有些提高了整理质量，但是对档案也有很大的损坏，而且今天否认明天，明天否认今天，就是整理方法多变常新，也敢不上时兴，也不一定整理的科学。对必须要进行整理的档案，也要分析原有整理基础，哪些是合理的，哪些是不合理流动，做到心中有数之后，再加以改动和纠正。
　　有些档案工作人员认为对有些己进馆的档案文件在整理时应按新的整理方法进行整理，这是不了解新《规划》是2001年开始实行的，在此之前形成的归档文件，必须采用传统方法进行整理。
　　整理档案尊重档案的自然形成规律，保持文件之间的历史联系。文件之间的历史联系是多方面的，有来源方面的、时间方面的、内容方面的、价值方面的、形成方面的联系，所以在整理时要结合这五个方面的联系。
　　⒈保持档案来源方面的联系，是因为档案是一个机关或个人产生、形成的，产生它的单位或个人，就构成了档案在来源方面不可分割的历史联系，在整理档案时就必须保持这种联系，不能将某个单位或个人的档案随意搬家，如果打破了档案的来源联系，就破坏了档案的体系，降低了利用价值。（也就是说对档案馆而言，不能将这个全宗的档案归到另一个全宗去，对档案室而言，不能将这个科室的归到另一个科室去，不能把下属单位的文件归到上级单位的文件中去，不能把普发性的文件也整理归档，或将这一类中的某些文件归到另一类中去，把同一个问题的文件分散到几个类或问题中去）。
　　⒉保持档案时间方面的联系，是因为档案是历史的产物，档案形成者的具体活动，都有一定的时间和阶段性，就注定了文件之间有一定的时间联系，在整理时要特别注意文件内容针对的时间。档案是按年度整理的，机关的有些活动是跨年度的，所形成的文件之间是密不可分的，分开整理，价值就会降低，遇到这种情况，就要保持档案文件在时间方面的联系，不能分开。（如一个单位维修工程，或开展一项工作检查、调查研究等活动有时往往是跨年度的，所形成的档案就要划归到该项活动结案的这一年。上一年的年度总结，往往在下一年初产生，文号和时间都在下年度，整理档案时就应该归到对应的年度）。
　　⒊保持档案内容方面的联系，是因为档案是一个单位或个人在工作活动中，为了解决一定的问题产生的，如召开一次会议，解决一个问题、处理一件事情、从事一项活动等，这些活动构成了文件内容方面的联系，因此，一个问题、一件工作、一项活动、一次会议、一起案件所形成的文件，在整理时，要适当保持它们的联系。
　　⒋保持档案价值方面的联系，是因为这是分析文件价值大小的重要标志，整理时，要把相同价值的文件组合在一起，如果整理时把同一个问题本级的请示同上级的批复分开整理，把某一问题的调查材料和结论材料分开整理，就会降低这些档案材料的使用价值，甚至会变成毫无价值的东西。（如果一个单位或个人要查找某一问题的上级批复或调查结论，由于把它们分开整理到别的卷内，往往就会造成利用上的不方便或因查找不齐全而成为一文不值的没有任何价值的东西）。
　　⒌整理档案保持形式方面的联系，是因为档案是一个单位或个人，在进行活动中产生的，记载这些活动形式是多样的，所形成的档案材料也是各种类形的都有，门类有文书的、科技的、专门的、载体有纸制的、本制的、金属的、胶制的等等，在整理时，要注意收集整理所形成的不同载体，不同门类的档案，并注意它们之间的联系和区别。有些活动中行成有文书档案，也有照片、录音、录像、科技等档案、都要收集整理，要分别编目和保管。这里要说明的是在整理档案时，历史档案不能与现行档案组合在一起，会议文件材料不能与录音录像材料组合在一起。因为内容相同、载体不同、时间不同、也往往决定了价值的不同，例如一份建国前己不起任何法律作用的合同就要比现在的一份己不起任何法律作用的合同价值就大的多，前者可能我们应划为永久保存，而后者可能划为短期保存或者不保存，因为我们保存档案不只是为了现在利用，还用来研究历史。历史的东西，我们本来就保存的很少，物以希为贵。所以整理档案必须根据它的来源，判断它的价值，区别它的形式，整理出来的档案就便于保管和提供利用，就科学规范，就更能体现出档案的信息价值和学术价值，为社会广为利用。
　　当然，并不是我们整理档案时只要保持了这五个方面的联系，就完全符合标准化，规范化的要求，那不一定，因为，文件之间的联系是错宗复杂的，不是一般的保持它们之间的联系，而是要最大限度的保持它们之间的联系，并善于在文件各种关系中找出它们最密切的联系，而文件之间的联系是相对的，应根据不同档案的特点和不同情况，确定保持文件联系的不同方法。
　　（二）、全宗的划分和构成立档单位的条件
　　全宗划分
　　所谓全宗，就是档案形成单位全部档案的总称。
档案区分全宗的目的，是为了保护一个单位档案的完整性，有利于统计、利用、收集、编目和保管，正确评价档案的价值，维护档案的完整与不可分散性。形成档案全宗的单位就是立档单位，立档单位就是全宗构成者。根据《档案馆通则》的规定划分立档单位，确立全宗构成者的条件是：
　　⒈是否能独立行使职权，并能以自己的名义对外行文。
　　⒉在工作上、组织上、财务上有独立性。
　　立档单位往往不是一成不变的，立档单位发生了变化，全宗有时也要随着变化。
　　如何在立档单位的变化中划分全宗
　　机关的职能发生了变化，应当成立新的全宗。
　　⒈因工作需要新成立的单位，符合立档条件，应成立新全宗。
　　⒉几个单位合并为一个新的单位，应构成一个全宗。
　　⒊一个单位分成几个新机关，各自应构成一个新全宗。
　　⒋一个机关内部的机构发展为一个独立的单位，这个单位应成立新的全宗（原来内部机构的档案仍属原机关全宗）。
　　机关的非基本职能发生变化，不应该成立新的全宗
　　⒈立档单位职能和工作范围扩大或缩小。
　　⒉立档单位内部组织机构的调整。
　　⒊立档单位名称，办公地点或领导的变化。
　　⒋立档单位因某种原因暂时停止活动以后又恢复工作，其职能未变。
　　临时性机构全宗划分和档案归属
　　⒈新成立的临时性的独立机构，可以成立新的全宗。
　　⒉因工作需要一个或几个机关内部成立的临时性机构，不能成立新全宗，所产生的档案应归牵头单位，作为一个类保管。
　　零散档案全宗的划分
　　我们在收集档案中，往往遇到收集或收购的零散档案全宗不明确或不能构成划分全宗的条件，可视不同情况另划归属。
　　⒈可归联合全宗。凡是两个以上立档单位的档案混起来不能区分，可按照一个全宗的要求进行整理，建立“联合全宗”。
　　⒉全宗汇集。对我们保管的仅仅有几卷的小全宗或不完整的全宗，为了保管和利用方便，可集中起来成立一个“全宗汇集”。
　　⒊档案汇集。对一些残缺不全，不知其所属全宗的档案，可组成“档案汇集”，视为一个全宗管理。
　　（三）、全宗内档案的分类
　　对于全宗内档案之所以要进行分类，是因为通过分类可以揭示文件之间的内在联系，为档案的整理和保管工作创造方便条件。同时分类结果可以决定立卷、编目、排列和档案上架的具体方法。分类，也叫归类，就是“同其所同，异其所异”的过程。把基本属性相同的集合成同一类，把不同的属性分为不同类。在进行档案分类时，往往要考虑到产生档案的时间、组织机构和内容三个方面，所以，在进行档案分类时主要的分类方法有三种：
　　⒈年度分类法
　　年度分类法简单的说，就是根据文件产生和形成的所属年度进行分类。因为一个立档单位，在布置和总结工作往往是按年度进行的。所以按年度分类可以看出立档单位逐年的发展变化情况。这种分类方法比较简便易行。按年度分类应注意跨年度的文件处理。比如计划总结、预决算、报表等文件有一定的特殊性，它往往是跨年度的，这些文件应该放在所针对的年度立卷；跨年度的请示与批复，放在复文年立卷，没有复文的，放在请示年立卷；跨年度的规划放在针对的第一年立卷；跨年度的总结放在针对的最后一年立卷；跨年度的会议文件，放在会议开幕年立卷。
　　⒉组织机构分类法
就是按照文件形成的立档单位内部的组织机构来分类。在一个立档单位里，档案是由单位内部的组织机构在行使职责的过程中形成的，而每一个内部机构所承担的任务是不完全相同的，所以，组织机构分类就是要按照不同机构的特点进行分类。按照组织机构分类比较容易掌握分类标准。简便易行，也便于按专题利用档案。这种分类方法有时会遇到一个问题，就是各个机构之间会办的文件，应放在主办文件的单位，如果分不出主次的，就放在最后承办的单位。
　　⒊问题分类法
　　问题分类法也叫内容分类法，就是按照档案内容所说的和反映的问题进行分类。这种分类方法的缺点是分类的标准不容易掌握，分类的标准掌握的是否准确是按档案工作人员的水平来决定的。
前面说的这三种分类方法，在实际操作中往往是结合使用的，有按年度—组织机构分类的，有的是年度结合问题分类的。不论采取哪一种方法分类，只要分类方案已定就不能轻易变化。今年采用这种，明年采用另一种分类方法，是不可取的。
　　（四）、卷内文件的系统排列
　　卷内文件排列的目的，是为了使文件在卷内有固定的位子，也是为了人们便于利用，遇有遗失也能随时发现。不论是过去的立卷办法还是现在新的立卷办法，卷内或盒内文件都要进行系统排列，排列的方法很多，一般采用以下四种方法：
　　⒈按时间结合事由排列，就是按文件产生的事由和时间排列，这种方法简单易行，不费周折。
　　⒉按重要程度排列，把重要的文件排列在前面，次要的文件排列在后面。但是由于人们的认识与业务水平不同，比前一种方法难掌握。
　　⒊按问题排列，这种方法适合于一本卷由若干问题文件组合的案卷。有的案卷是由单一问题组成的，有的案卷是由几个问题组成的。
　　⒋按文件之间的联系排列，这种排列方法必须对文件的相互依赖给予考虑，对于密不可分的文件，一般是批复在前，请示在后，正件在前，附件在后，正本在前，底稿在后。
如果单位的文件不多，可以采用其中一种排列方法，如果文件多，也可以几种方法结合使用。
　　（五）、案卷的排列
　　案卷的排列，一是按照案卷重要程度排列，二是按照案卷起止日期的先后顺序排列，三是按照档案的作者排列。案卷的排列方法，就一个单位而言，必须沿用一种方法。